Područje Nacionalnog parka Kornati može se okarakterizirati kao područje bogato iznimno važnim zajednicama podmorja koje su, zbog dugogodišnje zaštite, na visokom stupnju očuvanosti.

Do danas je na području NP Kornati zabilježeno 353 vrste algi i 3 vrste morskih cvjetnica te oko 850 vrsta životinja među kojima 61 vrsta koralja, 177 vrsta mekušaca, 127 vrsta mnogočetinaša, 61 vrsta desetonožnih rakova, 64 vrste bodljikaša i 185 vrsta riba.
U podmorju Nacionalnog parka „Kornati" prisutan je velik broj NATURA 2000 vrsta i staništa koja ovom području osiguravaju mjesto u Europskoj mreži zaštićenih područja - mreži NATURA 2000.

Muljevito-pjeskovita dna u priobalju kornatskih otoka nastanjuju naselja morske cvjetnice posidonije (Posidonionoceanicae). Ta je biljka prilagođena životu u čistom i bistrom moru. Sredozemni je endem. Njena naselja obogaćuju more kisikom te je nazivamo „plućima mora", a važno je stanište, hranilište i mrjestilište mnogim organizmima. Zbog svojih vrijednosti, ovo je prioritetno NATURA 2000 stanište.
Vrlo interesantno stanište, tzv. koraligen prisutno je na strmcima („krunama") na pučinskoj strani vanjskog niza otoka. Stanište je sastavljeno od crvenih algi koje iz mora vežu vapnenac i ulažu ga u svoje tijelo. Ovdje je prisutna velika raznolikost vrsta kojima odgovaraju uvjeti smanjene svjetlosti - spužve, koralji, mahovnjaci, crvene i smeđe alge.
Često se, ploveći po akvatoriju, susretne dobri dupin (Tursiopstruncatus), najčešća ali i jedina trajno nastanjena vrsta dupina u Jadranu. Prema dosadašnjim istraživanjima, populaciju koju nalazimo na širem području parka čini 147 jedinki, a najčešće se viđaju u njegovu južnom dijelu.
Nerijetko se tu mogu susresti i trome ali simpatične morske kornjače, jedne od najugroženijih životinja na svijetu. Jedini stalni stanovnik Jadrana, glavata želva (Carettacaretta) čija odrasla jedinka dostiže duljinu oklopa i do 110 cm te tjelesnu težinu i do 115 kg, u Jadran dolazi radi ishrane i zimovanja te u kornatskoj morskoj oazi nalazi obilje hrane i potreban mir.