Dolazak Hrvata na Jadransko more prouzročilo je veće demografske promjene na svim otocima, pa tako i na Kornatima. Romansko stanovništvo je, zbog najezde Hrvata, bilo prinuđeno bježati s kopna i potražiti utočište na otocima.

S obzirom da more nije dugo vremena bilo prepreka Hrvatima, uskoro je došlo do sukoba s tadašnjom Venecijom koja je nastojala dominirati Jadranskim morem. To vrijeme - vrijeme slabljenja Bizanta, jačanja Venecije i dolazak Hrvata na Jadran - bilo je kritično za naseljenost Kornata. Tada su Kornati bili za život prilično nesiguran prostor, pa se pretpostavlja da sve do 13. stoljeća na njima nije bilo stalnog stanovništva.

Srednji vijek
U 13. stoljeću Kornati su ponovno počeli oživljavati. Iz srednjeg vijeka datiraju vrlo zanimljive kulturne građevine u području parka. Najdojmljivija je svakako crkvica Gospe od Tarca, skromna jednobroda sakralna građevina (tip ruralne kasnoromaničke crkve) sagrađena na mjestu starokršćanske bazilike i izgrađena najvjerojatnije od ostataka te starije crkve. Vrijeme gradnje Gospe od Tarca nije sasvim jasno, pa tako postoje pretpostavke da se radi o 12./13. stoljeću, 14., odnosno 15./16. stoljeću. U ovoj crkvici i danas se održavaju mise (svake prve nedjelje u srpnju) čije je značenje preraslo isključivo religiozne okvire i postalo dio turističke atrakcije ovog prostora. Iz srednjeg vijeka datiraju i ostaci skladišta za sol i potopljeni ostaci solane u uvali Lavsa (vjerojatno druga polovica 14. stoljeća).

Naselje Piškera

Srednjevjekovni pisani tragovi ukazuju na prisutnost stočara i težaka u Kornatima. Vrijednost otočja je rasla sa sve učestalijim prijetnjama Turaka na obali, ali i zbog sve značajnijeg ribarstva u ekonomiji ovih prostora. Interes za Kornatima naročito se povećao nakon uvođenja novog načina lova srdele 1524. godine (upotreba svjetla). Mjesto Sali na Dugom Otoku već je od ranog Srednjeg vijeka bilo značajno ribarsko središte, a od početka 16. stoljeća uz Vis i Hvar postaje najznačajniji ribarski centar na Jadranu, prvenstveno zahvaljujući Kornatima. Naime, isključivo pravo na ribolov u Kornatima u to vrijeme imali su saljski ribari. Na otočiću Vela Panitula početkom 16. stoljeća izgrađen je mletački kaštel koji je prije svega služio kao mjesto za ubiranje poreza na ribu od kornatskih ribara. Mletačka vlast je naime, 1532. godine naredila kornatskim ribarima da sav svoj ulov dovoze na otočić Vela Panitula radi ubiranja poreza. U neposrednom susjedstvu mletačkog kaštela, na otoku Piškera (Jadra) ribari su podigli naselje s 36 kućica i magazina, osam mulića i pokretnim mostom između Vele Panitule i Piškere, što je za to vrijeme i s obzirom na prostor bilo prilično veliko. U sklopu naselja izgrađena je i jednobroda crkvica s gotičkim konstrukcijskim elementima, posvećena 1560. godine. U naselju su ribari boravili samo u vrijeme ljetnog "mraka" (najpovoljnije vrijeme za lov plave ribe - kada na nebu nema mjeseca). Po svemu sudeći, padom Mletačke Republike krajem 18. stoljeća, kaštel i cijelo naselje Piškera naglo su se ugasili. Zanimljivo je da se danas gotovo i ne vide tragovi ondašnjeg ribarskog naselja, dok se kaštel sveo samo na ostatke ostataka. Crkvica je s druge strane obnovljena, te je i danas u funkciji.